Μέσα στα πλαίσια της μετακινήσῃς πληθυσμών από την Ηπειρωτική Ελλάδα προς τα νησιά του Ανατολικου Αιγαίου και τα παράλια της Μ. Ασίας φτάνουν στη Σάμο, κατά τα τέλη της δεύτερης προχριστιανικής χιλιετίας, Ίωνες από την Επιδαυρία. Μαζί τους φέρνουν τη λατρεία της θεάς Ήρας, που θα εγκατασταθεί στο Ηραίο.
Το Ηραίο είναι το κυριότερο ιερό της αρχαίας Σάμου και βρίσκεται στη ΝΔ. ακτή του νησιού. Η θέση με το ασταθές έδαφος που δημιούργησαν οι προσχώσεις του ποταμού Ίμβρασου, παρουσίαζε ιδιαίτερα προβλήματα και δυσκόλεψε την θεμελίωση του ιερού. Η μεταφορά του όμως σε πιο βολική θέση ήταν αδιανόητη, αφού η λατρεία φώλιαζε πάντα σε μέρη όπου η παρουσία του θείου ήταν ιδιαίτερα έντονη.
Σε αυτή τη θέση, στις όχθες του Ίμβρασου, γεννήθηκε κατά τη σαμιακή παράδοση η θεά Ήρα, στη ρίζα μιας λυγαριάς που διατηρήθηκε ως τα χρόνια του περιηγητή Παυσανία (2ος αἱ. μ. Χ.). Στον ίδιο χώρο τοποθετείται και ο Ιερός Γάμος της θεάς με τον Δία.
Ο ναός ήταν δίπτερος, με διπλές κιονοστοιχίες από 24 κίονες στις μακρές πλευρές και τριπλές στις προσόψεις (με 8 κίονες στην ανατολική και 9 στην Δ. Πλευρά), αναφέρει ο έφορος αρχαιοτήτων Κωνσταντίνος Τσάκου στο βιβλίο του "Σάμος". Αν υπολογιστεί το αρχικό ύψος του σε 20 μ. περίπου, τότε γίνεται κατανοητός ο θαυμασμός του Ηρόδοτου... "ο μέγιστος πάντων νηων των ημείς ίδμεν".
