Όπως στα Ελευσίνια, την αρχαιότερη και κατά πάσα πιθανότητα σημαντικότερη Ελληνική μυστηριακή λατρεία, όσοι συμμετείχαν για πρώτη φορά στα Μυστήρια της Σαμοθράκης ονομάζονταν "μύσται" (από το μύω, που σημαίνει κλείνω τα μάτια), ενώ αυτοί που έπαιρναν μέρος για δεύτερη φορά ονομάζονταν "επόπται" (θεατές, παρατηρητές). Στη Σαμοθράκη το διάστημα ανάμεσα στα δυο στάδια μπορούσε να είναι πολύ μικρότερο από το ένα έτος που απαιτούνταν στην Ελευσίνα.
Μια μορφή προκαταρτικής μύησης ίσως γινόταν στον θεατρικό κυκλικό χώρο (εικ. 3), που περιβαλλόταν από βαθμίδες, κτίρια και αγάλματα, στον Ανατολικό Λόφο ή ακόμα και μέσα στη Θόλο της Αρσινόης (εικ. 4). Από τον κυκλικό χώρο ένας λιθόστρωτος ιερός πομπικός δρόμος κατέβαινε προς το κέντρο του ιερού και διακλαδιζόταν για να προσεγγίσει τη Θόλο και το μαρμάρινο κτίριο, το μεγαλύτερο στο ιερό, που ονομάζεται τώρα Κτίριο με τις Χορεύτριες όπου γινόταν η μύηση.
Μετά την προκαταρκτική αυτή ιεροτελεστία, οι μύστες με δεμένα τα μάτια περιπλανιόντουσαν στο σκοτάδι σε αναζήτηση της θεάς Αρμονίας, κόρη του Δία και της Ηλέκτρας. Σύμφωνα με την μυθολογία της Σαμοθράκης, την Αρμονία είχε απαγάγει ο Κάδμος όταν, στη διάρκεια της αναζήτησης της αδερφής του Ευρώπης, πέρασε από τη Σαμοθράκη. Ο γάμος της Αρμονίας με τον Κάδμο αναπαριστανόταν στην ιεροτελεστία της Σαμοθράκης που διαδραματιζόταν μέσα στο Κτίριο με τις Χορεύτριες και απεικονιζόταν στη ζωοφόρο που το περιέβαλλε (εικ. 5).
Το Ιερό των Μεγάλων Θεών (εικ. 6), όπου βρέθηκε το 1863 το περίφημο άγαλμα της Νίκης, απέχει περίπου 400 μ από τη ΒΔ ακτή του νησιού και έχει έκταση 50 περίπου στρεμμάτων. Εκτός από τα κτίρια στα οποία έχει γίνει ήδη αναφορά, περιλαμβάνουν ένα κτίριο για την έκθεση αναθημάτων, ένα πρώιμο κτίριο μύησης, βωμούς, ένα κενοτάφιο και ένα πρόπυλο που διέσχιζε την ανατολική ρεματιά. Η οικοδομική δραστηριότητα στους όψιμους Ελληνιστικούς και Ρωμαϊκούς χρόνους περιορίζεται, με λίγες αξιοσημείωτες εξαιρέσεις, μόνο σε επισκευές και μετασκευές.
Μια μορφή προκαταρτικής μύησης ίσως γινόταν στον θεατρικό κυκλικό χώρο (εικ. 3), που περιβαλλόταν από βαθμίδες, κτίρια και αγάλματα, στον Ανατολικό Λόφο ή ακόμα και μέσα στη Θόλο της Αρσινόης (εικ. 4). Από τον κυκλικό χώρο ένας λιθόστρωτος ιερός πομπικός δρόμος κατέβαινε προς το κέντρο του ιερού και διακλαδιζόταν για να προσεγγίσει τη Θόλο και το μαρμάρινο κτίριο, το μεγαλύτερο στο ιερό, που ονομάζεται τώρα Κτίριο με τις Χορεύτριες όπου γινόταν η μύηση.
Μετά την προκαταρκτική αυτή ιεροτελεστία, οι μύστες με δεμένα τα μάτια περιπλανιόντουσαν στο σκοτάδι σε αναζήτηση της θεάς Αρμονίας, κόρη του Δία και της Ηλέκτρας. Σύμφωνα με την μυθολογία της Σαμοθράκης, την Αρμονία είχε απαγάγει ο Κάδμος όταν, στη διάρκεια της αναζήτησης της αδερφής του Ευρώπης, πέρασε από τη Σαμοθράκη. Ο γάμος της Αρμονίας με τον Κάδμο αναπαριστανόταν στην ιεροτελεστία της Σαμοθράκης που διαδραματιζόταν μέσα στο Κτίριο με τις Χορεύτριες και απεικονιζόταν στη ζωοφόρο που το περιέβαλλε (εικ. 5).
Το Ιερό των Μεγάλων Θεών (εικ. 6), όπου βρέθηκε το 1863 το περίφημο άγαλμα της Νίκης, απέχει περίπου 400 μ από τη ΒΔ ακτή του νησιού και έχει έκταση 50 περίπου στρεμμάτων. Εκτός από τα κτίρια στα οποία έχει γίνει ήδη αναφορά, περιλαμβάνουν ένα κτίριο για την έκθεση αναθημάτων, ένα πρώιμο κτίριο μύησης, βωμούς, ένα κενοτάφιο και ένα πρόπυλο που διέσχιζε την ανατολική ρεματιά. Η οικοδομική δραστηριότητα στους όψιμους Ελληνιστικούς και Ρωμαϊκούς χρόνους περιορίζεται, με λίγες αξιοσημείωτες εξαιρέσεις, μόνο σε επισκευές και μετασκευές.