Λίγα μέτρα πιο πέρα από το Ιερό των Μεγάλων Θεών (ανατολικά), βρίσκεται η μεσαιωνική οχύρωση που περικλείει έκταση περίπου 1800 τ.μ., η οποία χτίστηκε ανάμεσα στα 1431 και 1433 από τους Γενουάτες Gattilusi. Το φρουριακό συγκρότημα περιλαμβάνει τάφρο, περίβολο και τρείς πύργους, από τους οποίους ο νοτιοανατολικός σώζεται σχεδόν ακέραιος.
Στην κατασκευή του από λαξευτές πέτρες και ασβεστοκονίαμα χρησιμοποιήθηκαν πολλά μαρμάρινα αρχιτεκτονικά μέλη του αρχαίου ιερού. Αποτελείται από ένα τυφλό ισόγειο, όπου υπάρχει κυκλική δεξαμενή, και τρεις ορόφους που είχαν ξύλινα πατώματα. Ένας κλειστός εξώστης, συμπληρωμένος σήμερα, στο νοτιοανατολικό τοίχο και στο ύψος του δεύτερου ορόφου έχει δυο ορθογώνιες οπές-καταχύστρες στο δάπεδό του, ανάμεσα στα φουρούσια που τον στήριζαν.
Η είσοδος στον πύργο, στην οποία οδηγούσε εξωτερική κινητή σκάλα, βρισκόταν στο βορειοανατολικό τοίχο, στο ύψος του πρώτου ορόφου. Στο νοτιοδυτικό τμήμα της βορειοδυτικής πλευράς του πύργου βρισκόταν η πύλη της οχύρωσης, ενώ κοντά στη βόρεια γωνιά του προστέθηκε μια δεξαμενή.
