Τα μυστήρια της Σαμοθράκης ήταν ονομαστά σ' όλη τη διάρκεια της Ελληνορωμαϊκής αρχαιότητας, τουλάχιστο από τον 5 αι. π.Χ., αλλα διατήρησαν διαχρονική γοητεία μέχρι τις μέρες μας. Τα μυστήρια δεν ήταν ανεξάρτητα κινήματα και, πολύ περισσότερο, δεν ήταν θρησκείες, αλλά ένα από τα πολλά τελετουργικά μορφώματα του Ελληνικού πολυθεϊσμού. Αποτελούσαν μια εξειδικευμένη και συχνά με έντονες τοπικές ιδιαιτερότητες λατρεία θεοτήτων, οι οποίες είχαν χαρακτηριστικά που δύσκολα περιγράφονται και αποδεδειγμένα υφίστανται αλλαγές στο πέρασμα του χρόνου.
Η ταυτότητα και η φύση των θεών της Σαμοθράκης, οι οποίοι είτε δεν είχαν ονόματα είτε τα ονόματά τους αποκρύπτονταν εντελώς από το κοινό, παραμένει αινιγματική. Οι αρχαίοι συγγραφείς τους ανέφεραν συχνά με το όνομα Κάβειροι, που δεν υπάρχει στην επιγραφική μαρτυρία από τη Σαμοθράκη, όπου οι θεοί ονομάζονταν απλά Θεοί ή Οι Μεγάλοι Θεοί της Σαμοθράκης.Τα ονόματά τους παραδόθηκαν από έναν συγγραφέα της Ελληνιστικής εποχής (Μνασέας): Αξίερος, Αξιόκερσα, Αξιόκερσος και Κασμίλος, που ταυτίζονται με την Δήμητρα, την Περσεφόνη, τον Άδη και τον Ερμή. Η Αξίερος ήταν η κεντρική μορφή της λατρείας, που είχε χαρακτηριστικά όμοια με αυτά της Κυβέλης.
Από την αρχαία γραμματεία είναι γνωστές τρεις σημαντικές λεπτομέρειες για τη μύηση στη Σαμοθράκη, η οποία ήταν νυκτερινή διεργασία:
1) Ο ιερέας ρωτούσε τον υποψήφιο για μύηση να αποκαλύψει "ποιά ήταν η πιο άνομη πράξη που είχε κάνει στη ζωή του".
2) Οι μύστες έδεναν πορφυρές ταινίες κάτω από την κοιλιά τους.
3) Οι μύστες έπαιρναν σιδερένια δαχτυλίδια από μαγνητίτη ως απόδειξης της μύησης.
Η πρωιμότερες ενδείξεις θρησκευτικής δραστηριότητας στο Ιερό των Μεγάλων Θεών χρονολογούνται στον 7 αι. π.Χ., αλλά η κατασκευή μνημειακών κτιρίων άρχισε μόλις στον 4 αι. π.Χ. και συνδέεται με τη γενναιοδωρία και τα πολιτικά ενδιαφέροντα του Μακεδονικού βασιλικού οίκου, ήδη από τη βασιλεία του Φίλλιπου Β'. Σύμφωνα με την παράδοση ο Φίλιππος είχε γνωρίσει την Ολυμπιάδα, μια πριγκίπισσα από την Ήπειρο, μετέπειτα γυναίκα του και μητέρα του Μεγάλου Αλεξάνδρου, κατά τη μύησή τους στη Σαμοθράκη. Οι διάδοχοι του Αλεξάνδρου συνέχισαν τη βασιλική υποστήριξη στο ιερό, το οποίο γνώρισε τη μεγαλύτερή του δόξα στους 3 και 2 αι. π.Χ.
Το ιερό και η λατρεία εγκαταλείπονται προς το τέλος του 4ου αι. μ.Χ. Η αρχαιολογική έρευνα που χρονολογείται από το δεύτερο μισό του 19ου αι. έχει δώσει μια εικόνα του ιερού και της ανάπτυξής του, αν και αρκετές λεπτομέρειες παραμένουν συζητήσιμες. Ούτε τα αρχιολογικά δεδομένα ούτε τα κείμενα της αρχαίας γραμματείας στάθηκαν για την ώρα ικανά να διαπεράσουν το πέπλο της μυστικότητας που καλύπτει τα μυστήρια.
Η ταυτότητα και η φύση των θεών της Σαμοθράκης, οι οποίοι είτε δεν είχαν ονόματα είτε τα ονόματά τους αποκρύπτονταν εντελώς από το κοινό, παραμένει αινιγματική. Οι αρχαίοι συγγραφείς τους ανέφεραν συχνά με το όνομα Κάβειροι, που δεν υπάρχει στην επιγραφική μαρτυρία από τη Σαμοθράκη, όπου οι θεοί ονομάζονταν απλά Θεοί ή Οι Μεγάλοι Θεοί της Σαμοθράκης.Τα ονόματά τους παραδόθηκαν από έναν συγγραφέα της Ελληνιστικής εποχής (Μνασέας): Αξίερος, Αξιόκερσα, Αξιόκερσος και Κασμίλος, που ταυτίζονται με την Δήμητρα, την Περσεφόνη, τον Άδη και τον Ερμή. Η Αξίερος ήταν η κεντρική μορφή της λατρείας, που είχε χαρακτηριστικά όμοια με αυτά της Κυβέλης.
Από την αρχαία γραμματεία είναι γνωστές τρεις σημαντικές λεπτομέρειες για τη μύηση στη Σαμοθράκη, η οποία ήταν νυκτερινή διεργασία:
1) Ο ιερέας ρωτούσε τον υποψήφιο για μύηση να αποκαλύψει "ποιά ήταν η πιο άνομη πράξη που είχε κάνει στη ζωή του".
2) Οι μύστες έδεναν πορφυρές ταινίες κάτω από την κοιλιά τους.
3) Οι μύστες έπαιρναν σιδερένια δαχτυλίδια από μαγνητίτη ως απόδειξης της μύησης.
Η πρωιμότερες ενδείξεις θρησκευτικής δραστηριότητας στο Ιερό των Μεγάλων Θεών χρονολογούνται στον 7 αι. π.Χ., αλλά η κατασκευή μνημειακών κτιρίων άρχισε μόλις στον 4 αι. π.Χ. και συνδέεται με τη γενναιοδωρία και τα πολιτικά ενδιαφέροντα του Μακεδονικού βασιλικού οίκου, ήδη από τη βασιλεία του Φίλλιπου Β'. Σύμφωνα με την παράδοση ο Φίλιππος είχε γνωρίσει την Ολυμπιάδα, μια πριγκίπισσα από την Ήπειρο, μετέπειτα γυναίκα του και μητέρα του Μεγάλου Αλεξάνδρου, κατά τη μύησή τους στη Σαμοθράκη. Οι διάδοχοι του Αλεξάνδρου συνέχισαν τη βασιλική υποστήριξη στο ιερό, το οποίο γνώρισε τη μεγαλύτερή του δόξα στους 3 και 2 αι. π.Χ.
Το ιερό και η λατρεία εγκαταλείπονται προς το τέλος του 4ου αι. μ.Χ. Η αρχαιολογική έρευνα που χρονολογείται από το δεύτερο μισό του 19ου αι. έχει δώσει μια εικόνα του ιερού και της ανάπτυξής του, αν και αρκετές λεπτομέρειες παραμένουν συζητήσιμες. Ούτε τα αρχιολογικά δεδομένα ούτε τα κείμενα της αρχαίας γραμματείας στάθηκαν για την ώρα ικανά να διαπεράσουν το πέπλο της μυστικότητας που καλύπτει τα μυστήρια.
